A lo largo de las cuatro galerías, se pueden ver grabadas en los sillares de las arquerías, de los contrafuertes y en los tambores de los fustes, diversas "marcas de cantero" correspondientes a los talleres que trabajaron en la ejecución de la nueva cabecera, la portada Norte, en la fachada Este y en la construcción del claustro.
De todas ellas, la marca A (Lámina IV), es la más difundida, encontrándose tanto en la fachada Norte como en la cabecera y en las cuatro galerías.
- En la arquería Norte se encuentran también marcas D, E, F, y G.
- En la galería de poniente se mantienen la marca A junto con la B, C y K.
- En la Meridional figura un signo nuevo: el 1, que se entremezcla con el A, E y D principalmente.
- En los sillares que forman el muro de separación entre la galería Sur y el refectorio y el Salón de Cortes, se halla la marca J.
- En la galería oriental, junto con las marcas A, B y C, figura la marca H.
La existencia de las mismas marcas de cantero en la ampliación de la cabecera y en el claustro indica la participación de mismos talleres en ambas obras y su construcción simultánea o de forma consecutiva.
- En los sillares de los tres ábsides y en la portada Norte se pueden encontrar las marcas A, C, F y G principalmente, y junto a ellas la L, M y N.
- En el interior del presbiterio, sobre los sillares que forman el fondo de los arcos hallados recientemente, pueden apreciarse las marcas A, L, M y O.
Igualmente en el muro Este, desde el arranque con los ábsides, continuando la fachada del S. XV hasta el arco de Dña. Maria de Aragón ( + 1.448), las marcas Ñ, O y P alternan con la A, B, J y K.
Algunos de éstos signos, principalmente el A y C, se mantienen en las zonas altas de la Iglesia, encontrándose por encima de las cubiertas de los ábsides hasta el arranque de la espadaña. Junto a ellos pueden apreciarse marcas nuevas: Q, R y S. Los signos T y U alternan con los anteriores, siendo muy escasos en número.